W czasie II wojny światowej w podziemiach gmachu Wydziału Architektury Politechniki Warszawskiej przy ul. Koszykowej, ukrywano plany, a ściślej mówiąc pomiary architektoniczne stołecznych budynków. Inwentaryzacje wykonywane przez studentów i pracowników naukowych wydziału po wojnie okazały się bezcenne. Na ich podstawie odbudowano stolicę.

Prof. Konrad Kucza-Kuczyński, były dziekan Wydziału Architektury PW, autor książki "Twórcy i Dzieła Warszawskiej Szkoły Architektury 1915-2015", w rozmowie z PAP tłumaczy, że "kiedyś w ramach zajęć studenci robili inwentaryzacje architektoniczne". Było to, jak wyjaśnił "mierzenie istniejących obiektów i wtórne opracowywanie ich dokumentacji". Ćwiczenia te prowadzone były przez Zakład Architektury Polskiej. Przed wojną na tych zajęciach mierzono kamieniczki Starego Miasta i inne różnego typu obiekty, np. sakralne". "Również historycy architektury robią pomiary zabytków w ramach prac naukowych - mówił. Przypomniał, że "do II wojny światowej, według różnych przekazów, w Zakładzie Architektury Polskiej było do 10 tys. różnego typu zinwentaryzowanych obiektów warszawskich, ale nie tylko, również np. obiektów z Fromborka. Został on odbudowany dzięki inwentaryzacjom z naszego wydziału".

Prof. Jan Zachwatowicz w czasopiśmie "Ochrona Zabytków" w 1952 r. pisał, że "zbiory Zakładu Architektury Polskiej w okresie międzywojennym stały się największym zbiorem pomiarów architektonicznych, obejmując działy architektury murowanej, architektury wiejskiej, planów miast i zbiór kopii malarstwa monumentalnego".

Pomiary architektoniczne i fotografie zabudowy staro- i nowomiejskiej miały w okresie swego powstania znaczenie przede wszystkim szkoleniowe i archiwalne, by następnie po zniszczeniach dokonanych podczas ostatniej wojny, stać się nieocenioną bazą źródłową, tak dla prac rekonstrukcyjnych, jak i badawczych - podał Włodzimierz Pela w almanachu muzealnym "Inwentaryzacja architektoniczna zabytkowych kamienic oraz fotografia dokumentalna z lat 1906-1943 jako źródła do odbudowy Starego i Nowego Miasta w Warszawie".

Profesor Kucza-Kuczyński opowiadał, że w czasie wojny w budynku wydziału pod przykrywką technicznej szkoły niemieckiej trwała konspiracyjna nauka - studiowano architekturę. W czasie wojny uczyło się tam 150 studentów. Niemcy nigdy nie odkryli prowadzonego tam tajnego nauczania, przygotowano w tym okresie dziewięć doktoratów i tyle samo habilitacji.

Również w czasie wojny odbywały się prace inwentaryzacyjne, wspominał je w jednym z wywiadów asystent prof. Zachwatowicza Kazimierz Piechotka. W tych ciężkich warunkach okazało się, że zostało zinwentaryzowanych kilkanaście kościołów drewnianych, w czasie wojny, przez studentów tajnego wydziału. One potem stanowiły między innymi materiały do odbudowy - opowiadał.

Prof. Kucza-Kuczyński opowiadał, że we wrześniu 1939 r. rozpoczęto ewakuację zbiorów. Prof. Oskar Sosnowski (projektant m.in. kościołów św. Jakuba w Warszawie i św. Rocha w Białymstoku) prowadził Zakład Architektury Polskiej i zajął się ochroną zbiorów. Wywoził je w bezpieczne miejsca poza Warszawę. Niestety, 24 września tego roku zginął raniony odłamkiem bomby. Przed śmiercią część zbiorów zdążył ukryć.

Po kapitulacji (Warszawy 28 września 1939 r. - PAP) kierownictwo Katedry i Zakładu Architektury Polskiej zostało powierzone adiunktowi Janowi Zachwatowiczowi. Wobec zamknięcia Politechniki zbiory Zakładu zabezpieczono do dalszej dyspozycji władz okupacyjnych - napisał prof. Jan Zachwatowicz w książce "Warszawska Szkoła Architektury 1915-1965".

Przypomniał również, że okupanci co jakiś czas żądali oddania tych materiałów - z Berlina przybył np. przedstawiciel prof. Bodo Ebhardta (założyciela Towarzystwa na Rzecz Zachowania Niemieckich Zamków) i zażądał materiałów dotyczących zamków. Przedstawiciele dystryktu w Białymstoku upominali się o plan pałacu Branickich. Esesmani z Lublina zabrali model Zamościa, a dr Sappok z Krakowa próbował przejąć przezrocza obiektów architektury polskiej, jednak bezskutecznie.

Różne takie "wizyty" powtarzały się co pewien czas, co skłoniło do zabezpieczenia poza Zakładem części materiałów pomiarowych, jak również zbiorów przezroczy. Niestety, właśnie te materiały i przezrocza uległy zniszczeniu - czytamy w "Warszawskiej Szkole Architektury". Zachwatowicz napisał, że "wobec wzrastającego obstrzału pociskami zapalającymi i niebezpieczeństwa pożaru, (...) zostały zniesione do podziemi Wydziału i zabezpieczone - część zbiorów pomiarowych Zakładu Architektury Polskiej oraz biblioteka Wydziału". Podczas Powstania usiłowano zabezpieczyć zbiory Zakładu. Znaczną część pomiarów przeniesiono do piwnicy Wydziału, gdzie ocalały - podał.

W akcji tej uczestniczyła m.in. architekt Maria Piechotka. Mój mąż był asystentem prof. Zachwatowicza w czasie okupacji, na tajnym wydziale architektury, stąd znaliśmy się dobrze. Natomiast ja straciłam możliwość mieszkania na Powiślu i zostałam ulokowana w gabinecie prof. Zachwatowicza razem z dwiema plastyczkami i córką jednej z nich. Spałam pod jego biurkiem, ponieważ nie było dla mnie miejsca - opowiadała w rozmowie z PAP. Wtedy upadło Powstanie. Mój mąż ciężko zachorował i nie mogliśmy wyjść z Warszawy z ludnością cywilną, ani z wojskiem, bo on nie mógł utrzymać się na nogach, wobec czego zostaliśmy w Zakładzie i tam razem z prof. Zachwatowiczem przy pomocy woźnych znosiliśmy pomiary i fotografie do piwnic, gdzie były zamurowywane - opowiadała PAP.

Zbiory Zakładu, które ocalały w podziemiach, zostały następnie wywiezione przez pracowników Zakładu z płonącej Warszawy i ukryte w Piotrkowie w klasztorze Bernardynów. Po wyzwoleniu zbiory pomiarów wróciły do Warszawy, zostały uporządkowane i w ciągu następnych lat znacznie powiększone nowo wykonanymi pracami pomiarowymi - pisał Zachwatowicz w czasopiśmie "Ochrona Zabytków" w 1952 r.

W czasie II wojny światowej w gmachu Wydziału Architektury PW działała od 1942 r. do wybuchu Powstania Warszawskiego pracownia fałszowania dokumentów "Grajewski", kierowana przez prof. Piotra Biegańskiego. Była częścią Wydziału Legalizacji i Techniki w Oddziale II Komendy Głównej Armii Krajowej, którą kierował Stanisław Jankowski "Agaton". W czasie Powstania w gmachu mieścił się również sztab 3. Batalionu Pancernego AK "Golski", jego żołnierze zginęli w obronie Politechniki Warszawskiej. W auli odbywały się koncerty, na których występowali m.in. Mieczysław Fogg, Mira Zimińska-Sygietyńska, Władysław Szpilman. Działał tam również szpital, ogród natomiast stał się cmentarzem.

Niemcy do 2 października 1944 r. nie zdobyli terenów Wydziału Architektury ani Politechniki Warszawskiej. Po zakończeniu wojny z terenu ogrodu ekshumowano 106 osób: cywili i żołnierzy "Golskiego" oraz innych jednostek.